MSO 설립 직후 3년은 국세청 CTS 점수가 가장 빠르게 오르는 구간입니다. 방어 전략 4가지:
1. 관계사 거래 시장가 검증
매 분기 다음 자료를 시장가 근거로 확보:
- MSO 가 의료기관에 제공하는 용역 수수료 — 동종업계 시세 3개사 비교
- 장비 임대료 — 시중 리스료 대비 ±15% 이내
- 마케팅 위탁 수수료 — 광고대행사 2~3곳 견적 비교
시장가 이탈 20%+ → CTS 점수 급등.
2. 자금 흐름 투명성
- MSO → 원장 배당: 이사회 결의록 + 배당소득세 원천징수 기록
- 원장 → MSO 자금 대여: 이자율 4.6%+ 명기 + 계약서 공증
- 가족 급여 지급: 업무 내용·출근 기록·이체 증빙
3. 거래 로그 보존
- 모든 관계사 거래 계약서 PDF + 용역 완료 보고서
- 이메일·카카오톡 커뮤니케이션 로그 아카이브
- 장비 임대 시 사용 일지 (의료기관 쪽 기록도)
4. 사전 감사
- 매년 1회 외부 감사 리포트 (비 의무지만 방어 증거로 매우 유효)
- 분기별 자체 점검 체크리스트 (세무사 서명)
CTS 점수 급등 신호
- 관계사 거래 비중 40%+
- 장비·부동산 급증 후 실제 사용 근거 미비
- 배우자·자녀 급여가 시장 시세 대비 현저히 높음
조사 통지 후 대응
- 5일 이내 세무사·변호사 동시 배치
- 장부 반출 vs 자료 제공 방식 협상
- 자진 수정 신고 vs 조사 대응 판단 (장부 품질에 따라)
KS는 MSO 설립 후 3년간 분기별 감사 + 연 1회 외부 감사 연계 서비스로 CTS 점수를 통제합니다.
본 글의 법규·수치는 2026년 5월 기준이며, 이후 개정·변경될 수 있습니다.
최신 적용 여부는 개별 사안에 맞춰 상담을 통해 확인해 주세요.
본 글은 일반적인 정보 제공을 위한 것이며, 개별 사안에 대한 법적·세무적 판단을 대체하지 않습니다.
실제 적용은 해당 상황에 대한 개별 검토 후 진행될 수 있습니다.