MSO 운영 가이드

MSO 설립 후 3년, 세무조사 방어를 위한 CTS 점수 관리

MSO 설립 직후 3년은 국세청 CTS 점수가 가장 빠르게 오르는 구간입니다. 방어 전략 4가지:

1. 관계사 거래 시장가 검증

매 분기 다음 자료를 시장가 근거로 확보:
- MSO 가 의료기관에 제공하는 용역 수수료 — 동종업계 시세 3개사 비교
- 장비 임대료 — 시중 리스료 대비 ±15% 이내
- 마케팅 위탁 수수료 — 광고대행사 2~3곳 견적 비교

시장가 이탈 20%+ → CTS 점수 급등.

2. 자금 흐름 투명성

  • MSO → 원장 배당: 이사회 결의록 + 배당소득세 원천징수 기록
  • 원장 → MSO 자금 대여: 이자율 4.6%+ 명기 + 계약서 공증
  • 가족 급여 지급: 업무 내용·출근 기록·이체 증빙

3. 거래 로그 보존

  • 모든 관계사 거래 계약서 PDF + 용역 완료 보고서
  • 이메일·카카오톡 커뮤니케이션 로그 아카이브
  • 장비 임대 시 사용 일지 (의료기관 쪽 기록도)

4. 사전 감사

  • 매년 1회 외부 감사 리포트 (비 의무지만 방어 증거로 매우 유효)
  • 분기별 자체 점검 체크리스트 (세무사 서명)

CTS 점수 급등 신호

  • 관계사 거래 비중 40%+
  • 장비·부동산 급증 후 실제 사용 근거 미비
  • 배우자·자녀 급여가 시장 시세 대비 현저히 높음

조사 통지 후 대응

  • 5일 이내 세무사·변호사 동시 배치
  • 장부 반출 vs 자료 제공 방식 협상
  • 자진 수정 신고 vs 조사 대응 판단 (장부 품질에 따라)

KS는 MSO 설립 후 3년간 분기별 감사 + 연 1회 외부 감사 연계 서비스로 CTS 점수를 통제합니다.

본 글은 일반적인 정보 제공을 위한 것이며, 개별 사안에 대한 법적·세무적 판단을 대체하지 않습니다. 실제 적용은 해당 상황에 대한 개별 검토 후 진행될 수 있습니다.
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