MSO ↔ 의료기관 간 거래는 관계사 거래로 분류돼 국세청이 시장가 이탈 여부를 집중 점검합니다. 방어를 위한 문서화 6단계:
1단계: 거래 내용 명세화
- 용역의 구체적 내용 (마케팅 기획·집행·리포트 / IT 지원 범위 등)
- 산출물·보고서 형태
- 투입 인력과 시간 (공수 기준)
2단계: 동종업계 시세 조사
- 최소 3개 동종 외부 업체 견적 수령
- 각 견적서 PDF 보관 + 비교표 작성
- 견적 수령일·담당자 연락처 기록
3단계: 계약서 작성
- 표준 용역계약서 양식 활용
- 가격·결제 조건·산출물·검수 기준 명기
- 계약서 공증 (필수는 아니지만 방어력 강함)
4단계: 용역 수행 증빙
- 월별 용역 수행 리포트
- 산출물 파일 (광고 소재·IT 시스템 코드 등)
- 의료기관 쪽 검수 확인서
5단계: 대금 결제
- 정해진 주기 (월·분기) 로 이체
- 임의 정산·사후 조정은 지양
- 세금계산서 발행 기준 준수
6단계: 연도별 재검증
- 매년 시장가 재조사 (물가·시세 변동 반영)
- 요율 조정 필요 시 계약서 변경 + 이사회 결의
국세청이 부인하는 전형 패턴
- 시장가 대비 ±30% 이탈
- 계약서 없이 '자연 발생적' 지급
- 용역 수행 증빙 없이 수수료만 지급
- 관계사 간 자금 순환 (MSO → 의료기관 → 다시 MSO)
방어 시 실제 효과
시장가 검증 문서가 완비된 MSO 는 세무조사 시 관계사 거래 추징률 0~10%. 미비한 곳은 30~50% 까지 추징 사례 다수.
KS는 관계사 거래 설계 시 계약서 템플릿 + 시장가 검증 리포트까지 패키지로 제공합니다.
본 글의 법규·수치는 2026년 5월 기준이며, 이후 개정·변경될 수 있습니다.
최신 적용 여부는 개별 사안에 맞춰 상담을 통해 확인해 주세요.
본 글은 일반적인 정보 제공을 위한 것이며, 개별 사안에 대한 법적·세무적 판단을 대체하지 않습니다.
실제 적용은 해당 상황에 대한 개별 검토 후 진행될 수 있습니다.