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MSO 위탁수수료, '실질'이 흔들리면 세무조사가 시작된다 — 최근 판례가 던진 경고

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법원이 다시 확인한 MSO의 '선'

법원은 MSO가 환자로부터 의료비를 직접 수금하고 세금계산서를 발행한 구조를 위법으로 판단한 바 있습니다. 의료 매출의 귀속 주체는 어디까지나 의료기관이며, MSO는 관리·결제대행 등 비의료 용역의 대가만 받을 수 있다는 취지입니다.

원장이 점검할 5가지

  1. 매출 귀속: 진료비 매출은 병원이 인식하고, MSO는 용역 수수료에 대해서만 세금계산서를 발행한다.
  2. 수수료 적정성: 위탁수수료가 실제 제공 용역 대비 과다하면 우회적 이익분여·사무장병원 의심을 받는다.
  3. 계약·용역의 실재성: 인력, 시스템, 산출물 등 용역이 실제로 존재해야 한다.
  4. 지배구조 분리: 1인1개소법 취지에 어긋나는 사실상 지배 구조는 핵심 리스크다.
  5. 네트워크 확장 속도: 단기간 동일 브랜드 급증은 현지조사 대상이 되기 쉽다.

절세 효과만 보고 만든 MSO는 조사 한 번에 부가세·종합소득세 추징으로 되돌아옵니다. 지금 계약서와 자금 흐름을 세무·법률 자문과 함께 재점검하시기 바랍니다.

본 글의 법규·수치는 2026년 6월 기준이며, 이후 개정·변경될 수 있습니다. 최신 적용 여부는 개별 사안에 맞춰 상담을 통해 확인해 주세요.
본 글은 일반적인 정보 제공을 위한 것이며, 개별 사안에 대한 법적·세무적 판단을 대체하지 않습니다. 실제 적용은 해당 상황에 대한 개별 검토 후 진행될 수 있습니다.
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