2026년 5월 종합소득세 신고가 마무리됐습니다. KS가 자문한 의원·병원에서 반복적으로 관찰된 4가지 패턴.
1. 비급여 매출 비중 — 평균 28%로 상승
미용·도수치료·자비검사 비중이 2025년 대비 평균 4%p 상승. 신고 매출에는 잡혔지만, POS-EMR-신고 3중 불일치가 발견된 사례가 6건. 사후검증 통지 가능성이 가장 높은 그룹.
2. 의료기기 리스 비용 처리 부인 우려
2025년에 도입한 3,000만원 초과 의료기기를 100% 운용리스로 처리한 사례 11건 중, 8건이 계약서상 매수선택권·잔존가치 조건이 있어 자본화 재구성 리스크. 신고 이후 자체 정정 권고.
3. 가족 급여 — 실근무 증빙 부족
배우자·자녀를 직원으로 등재해 4대보험까지 가입했지만 출퇴근 기록·업무 증빙이 없는 사례 9건. 5월 신고는 그대로 들어갔지만 8~10월 사후검증 통지 시 부인 가능성 높음. 6월 중 표준 출퇴근 시스템 도입 권고.
4. 정부지원금 — 청년채용·고용유지 신청 누락
2025년부터 지원 대상이 확대된 정부지원금을 종합소득세 신고와 동기화해 신청한 의원이 절반 미만. 놓친 환급 평균 480만원. 5월 신고 마감 후 6월에 별도 신청 가능.
사후검증 대응 — 6월 자체감사 권고 항목
- POS·EMR·신고 매출 3중 일치 재확인
- 의료기기 리스 계약서 매수선택권 조항 재검토
- 가족 급여 실근무 증빙 6개월치 정비
- 미신청 정부지원금 마감일 캘린더화
종합소득세 신고는 끝났지만, 사후검증의 시계는 이제 시작입니다.
본 글의 법규·수치는 2026년 5월 기준이며, 이후 개정·변경될 수 있습니다.
최신 적용 여부는 개별 사안에 맞춰 상담을 통해 확인해 주세요.
본 글은 일반적인 정보 제공을 위한 것이며, 개별 사안에 대한 법적·세무적 판단을 대체하지 않습니다.
실제 적용은 해당 상황에 대한 개별 검토 후 진행될 수 있습니다.